Взаимодействие организаций – налогоплательщиков и налоговых органов в части реализации мобилизационных и контрольных функций системы налогообложения выявило множество пробелов, не смотря на успешность данной деятельности. Так как уплата налоговых платежей является обязанностью организации – налогоплательщика, то в правовом отношении мы можем говорить об императивности системы налогообложения, которая построена на власти и подчинении.

Система исчисления налогов и сборов должна не заставлять организации – налогоплательщиков уклоняться от налогов, уходить в тень, придумывать различные схемы для ухода от налогов, а должна быть направлена прежде всего на выполнение социальной функции налогов, которая заключается в справедливости налогообложения.

Такая справедливость не может быть достигнута, если в самой системе налогообложения организаций присутствует еще множество проблемных моментов, на которые стоит обратить внимание, в частности: основным налогом в системе налогообложения организаций является налог на прибыль, но с ним связано множество перекосов в системе налогового законодательства:

а) значительная разница в ведении бухгалтерского и налогового учета, так как цели для каждого из этих видов учета – абсолютно разные;

б) возникновение двойного налогообложения, когда акционерное общество, получив прибыль платит с ней налог на прибыль, а также акционеры, получив определенных размер дивидендов – также должны оплатить с этой суммы налог;

в) налоговая ставка по данному налогу фиксированная, то есть твердая, которой очень трудно варьировать, так она применяется и к значительным объемам прибыли крупных организаций – налогоплательщиков и к организациям, которые получают незначительную прибыль.

г) применение пониженных ставок по налогу на прибыль для отдельных категорий налогоплательщиков, в части для резидентов свободных экономических зон, резидентов территорий опережающего развития и других, не приносит нужного результата, а создает лишь перекос в системе налогообложения организаций;

Доцент кафедры экономики и экономической безопасности Среднерусского института управления – филиала РАНХиГС Елена Уварова считает, что налоговые органы так или иначе представляют власть, хотя и с исполнительским уклоном, но при этом они имеют право применять различные штрафные санкции к недобросовестным организациям – налогоплательщикам. Ключевыми моментами в разрешении проблем системы налогообложения не только организаций, но и всех категорий налогоплательщиков можно назвать в первую очередь – умение управлять налогообложением, чтобы можно было гибко подстраиваться под реалии современной экономической и политической обстановки; во вторую очередь – повышение прозрачности в оптимизации налоговых платежей со стороны организации – налогоплательщика и в третью очередь – применение системы налогового мониторинга, которая обеспечивает при взаимодействии с налоговыми органами успешную и эффективную реализацию стратегий развития организации – налогоплательщика.